El 2 de septiembre de 1991, en una reunión conjunta de los diputados populares del Consejo Regional de Nagorno-Karabaj, el Consejo Regional de Shahumyan y los consejos de todos los niveles, se adoptó una declaración en la que se proclamaba la República de Nagorno-Karabaj y la formación de sus órganos estatales y administrativos provisionales. 

Como resultado del referéndum celebrado el 10 de diciembre de 1991, el 99,89% de la población de Artsaj dijo "sí" a la independencia.

En diciembre de 1991, el pueblo de Artsaj participó en las elecciones para diputados del Consejo Supremo de la República de Nagorno-Karabaj, estableciendo el máximo órgano legislativo. Luego, en enero de 1992, se convocó la sesión inaugural del Consejo Supremo, durante la cual, se adoptó la declaración de independencia de la República de Artsaj.

Artur Mkrtchian fue elegido presidente del Consejo Supremo de la República. Artsaj adoptó su propia bandera nacional, escudo de armas e himno. La bandera es tricolor: roja, azul, naranja y un adorno de cinco dientes blancos.

El 25 de septiembre de 1991, Azerbaiyán desató la primera guerra contra Artsaj. Duró más de 3 años y recién el 12 de mayo de 1994 los jefes de los departamentos de defensa de Azerbaiyán, Nagorno-Karabaj y Armenia firmaron un documento de alto el fuego.

El 27 de septiembre de 2020, Azerbaiyán desató nuevamente una guerra a gran escala contra Artsaj. Fue detenida el 9 de noviembre mediante una declaración de alto el fuego firmada entre los líderes de Armenia, Rusia y Azerbaiyán.

Lamentablemente, como resultado de la guerra, Azerbaiyán ocupó toda la zona de seguridad de Artsaj, así como Shushi y Hadrut.